Setelah Amagami SS, siswa sekolah menengah Junichi Tachibana melanjutkan relevansinya dengan para gadis di sekolahnya. Amagami SS + Plus memamerkan sekilas ihwal apa yang terjadi sehabis resolusi kisah masing-masing gadis.
Peristiwa gres mulai terjadi antara masing-masing gadis dan Junichi. Tsukasa Ayatsuji, perwakilan kelas, mencalonkan diri selaku ketua OSIS; Rihoko Sakurai, yang sudah menggantikan Tea Club bareng Junichi, masih ingin mengakui perasaannya padanya; Ai Nanasaki mempertanyakan masa depan relevansinya dengan Junichi dikala beliau berangkat kuliah; Kaoru Tanamachi bertanya-tanya apakah relevansinya dengan Junichi akan berlanjut lebih jauh; Sae Nakata dan Junichi mempunyai permasalahan dengan sobat sekelas yang masih bimbang bahwa seseorang yang sungguh imut merupakan pacarnya; dan Haruka Morishima ingin menenteng relasi mereka ke level selanjutnya dan menikah.
