Cerita ini berpusat di sekeliling sekelompok gadis-gadis dari banyak sekali planet, beberapa wilayah hiburan dihentikan dan beberapa diantaranya tidak berupaya untuk menjadi idola besar dan ada juga yang bergabung ke AKB0048. Oleh alasannya itu, mereka ikut serta dalam cobaan masuk dan balasannya menjadi seorang idola, yang berencana untuk suatu hari nanti mengambil alih anggota AKB0048 yang mau datang.
AKB0048
Setelah perang antarplanet pada permulaan periode ke-21, planet Bumi sudah hancur, dengan sebagian besar ekosistemnya hancur total. Karena sulit dipercayai lagi menjalani kehidupan wajar di planet ini, penghuninya terpaksa pindah ke planet lain di mana kehidupan akan, semoga, lebih nyaman.
Deep Galactic Trade Organization, suatu pemerintahan totaliter yang menghipnotis banyak planet yang gres dihuni, entah bagaimana hingga pada kesimpulan bahwa musik yakni sumber kejahatan, dan bahwa itu mesti dihentikan dan dihancurkan untuk kebaikan. Grup talenta AKB0048 secepatnya dibentuk, menurut anggota AKB48 orisinil yang pernah hidup di Bumi. Meskipun musik mereka kini dianggap ilegal secara universal, mereka membuatnya selaku misi untuk menggugah kembali musik mereka dengan menjalankan perjalanan dari satu planet ke planet lain dan mengadakan konser sebanyak mungkin. Mereka mesti menjalani serangkaian metode training gres untuk menjadi yang terbaik yang mereka bisa, sambil menyingkir dari ancaman terus-menerus ditangkap alasannya musik mereka. Bergabunglah dengan bintang pop antarplanet AKB0048 dikala mereka menjajal menyelamatkan dunia － dengan musik!
